
Le bateau a été repéré par les douanes australiennes à 14 milles (26 km) au nord-ouest du territoire australien de Christmas Island, dans l'océan Indien.
Deux agents des douanes sont montés à bord mais le navire balloté par les vagues a aussitôt chaviré, précipitant à la mer ses occupants, a raconté le ministre australien de l'Intérieur, Jason Clare.
"Les femmes et les hommes à bord (du navire des douanes Ocean Protector) ont agi rapidement pour sauver les personnes tombées à la mer et 95 ont été récupérées, mais ce chiffre inclut deux personnes décédées", a-t-il dit.
Les victimes sont un garçon âgé de 4 à 5 ans et une femme d'une trentaine d'années. Deux autres migrants, dont un garçon de 6 à 7 ans et une femme enceinte d'une vingtaine d'années, sont dans un état grave.
Les rescapés, de nationalités afghane et de pays du Moyen-Orient, ainsi que trois membres d'équipage probablement indonésiens, devaient être transférés dans un centre d'accueil pour migrants à Christmas Island.
"Ils vont subir des contrôles de santé, de sécurité et d'identité et nous établirons les raisons de leur voyage", a souligné le ministre.
Des recherches se poursuivaient autour de la zone du naufrage mais il n'était pas dans l'immédiat possible de déterminer si des migrants ont disparu.
Jon Stanhope, administrateur de Christmas Island, a rapporté que l'Ocean Protector se trouvait par hasard non loin des lieux du naufrage et avait de ce fait pu intervenir rapidement.
"D'après ce que je sais, tous les demandeurs d'asile étaient dans l'eau lorsque l'Ocean Protector est arrivé", a-t-il dit à la chaîne de télévision publique australienne ABC.
L'Australie est une destination marginale pour les demandeurs d'asile, représentant 2,5% des dossiers déposés dans le monde en 2011.
Mais les migrants qui tentent le voyage au départ de l'Indonésie prennent des risques très importants en embarquant sur des bateaux totalement inadaptés à la navigation en haute mer dans les eaux houleuses du Pacifique.
Des centaines d'entre eux ont péri ces dernières années. Début mars, un bâtiment de la marine australienne a récupéré 77 migrants sur un navire en perdition.
Pour les dissuader de prendre la mer, le Parlement australien a adopté l'an dernier un texte autorisant la reprise d'un dispositif mis en place en 2008 par la droite et consistant à placer les demandeurs d'asile dans des centres de rétention sur des territoires isolés.
Les réfugiés peuvent être déportés à Nauru, ou à Manus, une île de Papouasie-Nouvelle Guinée.
Cette disposition controversée, critiquée par les Nations unies, ne semble toutefois pas avoir eu l'effet escompté.
Des milliers de réfugiés sont arrivés sur le territoire australien depuis le vote de la loi en août, essentiellement afghans, irakiens et iraniens, et au moins quatre embarcations sont arrivées à Christmas Island au cours du week-end, l'une transportant 128 personnes, selon l'administrateur de l'île.
Le texte était le fruit d'un compromis avec l'opposition parlementaire dirigée par le chef du Parti libéral, Tony Abbott.
Mais l'opposition accuse aujourd'hui le gouvernement travailliste, de plus en plus impopulaire selon les sondages, d'avoir perdu le contrôle des frontières du pays.