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Le président islamiste Mohamed Morsi a condamné les violences, affirmant à Tawadros II, le patriarche des Coptes orthodoxes d'Egypte, qu'il considérait "toute attaque contre l'église comme une attaque personnelle". Il a également ordonné l'ouverture immédiate d'une enquête.
Le calme était revenu dans la matinée dans le quartier d'Abbassiya, mais la police était toujours massivement déployée autour de la cathédrale Saint-Marc dans laquelle des Coptes étaient encore rassemblés.
Dimanche, des milliers de Coptes avaient participé aux obsèques de quatre chrétiens tués dans des violences confessionnelles vendredi soir au nord du Caire.
Les funérailles ont pris une tournure politique lorsque les participants ont scandé des slogans contre le pouvoir islamiste, et ces scènes ont été retransmises en direct à la télévision.
Plusieurs participants ont déclaré à l'AFP avoir été attaqués peu après la sortie du cortège funèbre de l'église. Des scènes de chaos ont suivi, et de nombreux chrétiens se sont réfugiés à l'intérieur de la cathédrale tandis que la police tirait du gaz lacrymogène sur l'édifice.
Aux côtés des policiers, des groupes de civils, apparemment des habitants du quartier, échangeaient des projectiles avec les Coptes par-delà les murs de la cathédrale.
"Eux, là-bas, ce sont des chrétiens. Ici, vous êtes du côté musulman", a expliqué l'un des résidents à l'AFP.
Beaucoup de Coptes se sont dit choqués par l'attaque contre la cathédrale Saint-Marc, siège du patriarcat copte orthodoxe et l'un des hauts lieux de la communauté.
contexte déjà très tendu
Deux personnes ont été tuées --un Copte de 30 ans et un homme qui n'a pas été identifié-- et 89 autres blessées dans ces violences, selon le ministère de la Santé.
Le ministre de l'Intérieur, Mohamed Ibrahim, s'est rendu sur place dans la nuit. Son ministère avait auparavant affirmé que des participants aux funérailles avaient endommagé des voiture à la sortie de l'église et que cela avait provoqué des heurts avec des habitants du quartier.
Ces événements surviennent dans un contexte déjà très tendu en Egypte en raison de la profonde division entre les partisans de M. Morsi, issu des Frères musulmans, et ceux de l'opposition, qui ont dégénéré à plusieurs reprises en violents affrontements.
Le pays est également affecté par une sévère crise économique et une multiplication des grèves. La montée de l'inflation, la chute de la monnaie nationale et un début de pénurie pour certains produits comme le gazole aggravent la nervosité sociale.
Les Coptes représentent de 6 à 10% des 84 millions d'habitants en Egypte, où les affrontements sont fréquents entre chrétiens et musulmans, souvent en raison de querelles de voisinage, d'histoires d'amour interdites ou de la construction de nouvelles églises.
Depuis la chute du régime de Hosni Moubarak en février 2011, ces heurts ont tué une cinquantaine de chrétiens et plusieurs musulmans.
L'arrivée d'un islamiste à la tête de l'Egypte a aggravé le sentiment d'insécurité et de marginalisation des Coptes. M. Morsi a promis d'être le "président de tous les Egyptiens" mais ses opposants l'accusent de se comporter comme "le représentant des Frères musulmans".
Les violences de vendredi soir à Al-Khoussous, une région déshéritée du gouvernorat de Qalioubiya, au nord du Caire, avaient éclaté quand un musulman a proféré des insultes contre les chrétiens après s'être opposé à des enfants qui dessinaient une croix gammée sur un institut religieux.
L'incident a dégénéré en échange de tirs d'armes automatiques entre musulmans et chrétiens, selon les services de sécurité.
La représentante diplomatique de l'Union européenne, Catherine Ashton, en visite au Caire, s'est déclarée dimanche soir "extrêmement inquiète" après ces affrontements et a appelé à la "retenue".
