L'avion présidentiel Air Force One a décollé à 16H20 locales (14H20 GMT) en direction d'Amman, où le président américain doit discuter du conflit syrien avec le roi Abdallah II, a constaté l'AFP.
Au cour de son séjour, le président Obama s'est posé en allié indéfectible d'Israël contre les dangers du nucléaire iranien.
"L'Iran ne peut pas obtenir d'arme nucléaire. C'est un danger qui ne peut pas être endigué", a-t-il prévenu, en répétant que "toutes les options (étaient) sur la table" pour y parvenir.
M. Obama a également mis en garde le régime syrien contre le recours aux armes chimiques.
Dans un discours vibrant devant des jeunes Israéliens, jeudi à Jérusalem, il en a appelé directement aux Israéliens et aux Palestiniens pour avancer vers la paix.
En Jordanie, Barack Obama va s'occuper en particulier de la guerre civile en Syrie où plus de 70.000 personnes ont péri depuis deux ans.
La Jordanie accueille 436.000 réfugiés syriens alors que les civils continuent à fuir les combats entre les forces du président Bachar al-Assad et les rebelles.
Le président américain a refusé d'apporter une aide militaire aux rebelles mais il leur a accordé un soutien logistique ainsi que des centaines de millions de dollars d'aide humanitaire.