La confrérie islamiste, première force politique d'Egypte, a indiqué que Mohammed Morsi menait avec 30,8%, suivi par Ahmad Chafiq, le dernier Premier ministre de Hosni Moubarak, avec 22,3%.

Le nationaliste arabe Hamdeen Sabbahi arrive en troisième position avec 20% selon les chiffres des Frères musulmans, basés sur les résultats de 6.661 bureaux de vote sur 13.000.

Les résultats officiels de cette présidentielle, la première depuis la chute sous la pression de la rue de l'ex-président Hosni Moubarak en février 2011, doivent être annoncés à partir de dimanche par la Commission électorale.

Si aucun candidat ne remporte la majorité absolue, hypothèse désormais plus que probable, un second tour est prévu les 16 et 17 juin.

Plus de 50 millions d'électeurs étaient appelés à choisir mercredi et jeudi entre 12 candidats: islamistes, laïcs, de gauche ou libéraux, partisans de la "révolution" ou anciens responsables du régime Moubarak.

Trois heures avant la fermeture des bureaux de vote, le président de la Commission électorale Farouk Soltane a estimé le taux de participation à 50%.

Les Egyptiens attendent impatiemment l'issue de cette première présidentielle libre, après des décennies de scrutins joués d'avance.

Le résultat est crucial pour l'orientation que prendra le pays le plus peuplé du monde arabe, avec quelque 82 millions d'habitants, partagé entre la tentation islamiste et celle d'une normalisation incarnée paradoxalement par des personnalités de l'ère Moubarak.

Pendant la période de transition, émaillée de violences et de protestations, l'armée au pouvoir depuis la chute de Hosni Moubarak est devenue la cible de la colère des militants pro-démocratie qui l'accusent d'avoir continué la politique de répression de l'ancien régime.

Le Conseil militaire s'est engagé à remettre le pouvoir à un nouveau président avant la fin juin.

Mais de nombreux analystes estiment que l'armée, épine dorsale du système depuis la chute de la monarchie en 1952 et qui détient un patrimoine économique considérable, restera un acteur important de la vie politique.

Les pouvoirs du futur président restent imprécis, la Constitution en vigueur sous M. Moubarak ayant été suspendue et la rédaction de la future loi fondamentale étant au point mort.