La confrérie a estimé dans la soirée qu'au vu des "chiffres complets" du premier tour dont elle avait connaissance, il était "absolument clair" que les deux hommes se retrouveraient au second, les 16 et 17 juin. Elle a précisé que M. Morsi avait recueilli 25,3% des suffrages et M. Chafiq 24%.

Ce duel Morsi-Chafiq n'a toutefois pas été confirmé par la commission électorale, qui doit annoncer les résultats officiels du premier tour à partir de dimanche.

Un haut responsable des Frères, Essam el-Erian, a vivement attaqué vendredi soir M. Chafiq, le dernier Premier ministre de M. Moubarak, affirmant lors d'une conférence de presse que son élection mettrait "la nation en danger". "La révolution est en danger. Nous avons besoin d'un pays démocratique. Chafiq est contre la démocratie", a-t-il ensuite déclaré à l'AFP. Il a précisé que M. Morsi appelait les candidats éliminés au premier tour à une réunion samedi afin de "sauver la révolution", en référence à la chute du régime de M. Moubarak en février 2011.

Un porte-parole de l'équipe de campagne de M. Chafiq, Karim Salem, a nié que leur candidat menaçait les objectifs de la révolte. "Non, l'ère (Moubarak) est terminée, la politique a changé. L'Egypte entre dans la démocratie", a-t-il dit, avant les attaques lancées dans la soirée par la puissante confrérie islamiste.

Les sites internet de plusieurs journaux donnaient également en début de soirée MM. Morsi et Chafiq en tête dans un mouchoir de poche à l'issue du premier tour qui s'est tenu mercredi et jeudi.

Le grand quotidien indépendant al-Masry al-Yom leur attribuait respectivement 24,9% et 24,5% des voix, suivis avec 21,1% par un candidat de la gauche nationaliste arabe, Hamdeen Sabbahi, sur la base de résultats quasi-définitifs obtenus dans les centres de dépouillement.

Deux candidats longtemps donnés parmi les favoris, l'ancien chef de la Ligue arabe Amr Moussa et l'islamiste modéré Abdel Moneim Aboul Foutouh, sont donnés battus. M. Aboul Foutouh a affirmé vouloir désormais faire barrage à M. Chafiq.

Considéré comme "le candidat de rechange" des Frères après l'élimination par la commission électorale de leur premier choix, Khairat al-Chater, M. Morsi a bénéficié de la machine électorale et de la base militante de la confrérie. Les Frères, officiellement interdits pendant plus de 50 ans en Egypte et bête noire du régime Moubarak, étaient déjà arrivés largement en tête aux récentes législatives.

Ihmad Chafiq a pour sa part axé sa campagne sur la sécurité et la stabilité, afin de rallier les Egyptiens exaspérés par les remous politiques et la dégradation de la situation économique depuis la révolte.

Dès le premier tour, MM. Morsi et Chafiq sont apparus en franche opposition et leur confrontation au second tour pourrait gravement diviser le pays.

L'ancien Premier ministre est abhorré par les partisans de la "révolution", pour qui son éventuelle victoire signifierait la mort de leurs idéaux. Ancien chef d'état-major de l'armée de l'air, il est considéré par beaucoup comme le candidat de l'ancien régime et de l'armée, au pouvoir depuis la chute du raïs.

Les détracteurs de M. Morsi le considèrent pour leur part comme soumis à la confrérie et à sa vision islamique très conservatrice de la société aux dépens des intérêts du pays.

"La chose importante, c'est que les élections étaient propres", soulignait néanmoins un électeur, Ali Ahmed, qui avait voté Aboul Foutouh et optera au prochain tour pour M. Morsi pour ce scrutin présidentiel pluraliste, au résultat pour la première fois non connu d'avance.

Jeudi soir, quelques heures avant la fermeture des bureaux de vote, le président de la Commission électorale Farouk Soltane avait estimé le taux de participation à 50%, précisant que le scrutin s'était en général déroulé de manière "calme et organisée".

Cette première présidentielle depuis la chute de M. Moubarak doit mettre fin à une période de transition émaillée de manifestations et de violences.

Le Conseil militaire qui dirige le pays, accusé par les militants pro-démocratie de continuer la politique de répression de l'ancien régime, a promis de transmettre le pouvoir avant la fin juin.

Les pouvoirs du futur président, qui dirigera le pays le plus peuplé du monde arabe, restent toutefois imprécis, faute d'une nouvelle Constitution depuis que celle en vigueur sous M. Moubarak a été suspendue.

M. Moubarak, 84 ans, pour sa part est hospitalisé près du Caire en attendant que la justice se prononce le 2 juin sur sa responsabilité dans la mort de manifestants durant la révolte. Le Parquet a requis la peine capitale.