Porté sur les fonts baptismaux quelques années après la foulée pleine d'incertitudes des indépendances, le Fespaco n'avait aucune garantie qu'il ferait long feu. Il n'avait pas les nombreux sponsors qui le soutiennent de nos jours et il attirait seulement quelques réalisateurs.
La première édition du festival se tient en 1969 sous l'énergique impulsion d'une poignée de réalisateurs, qui étaient venus à se convaincre qu'il fallait un festival qui servirait de créneau pour la diffusion de toutes les oeuvres du cinéma africain, permettre les contacts et les échanges entre professionnels du cinéma et de l'audiovisuel.
Le Festival poursuit aussi l'objectif de "contribuer à l'essor, au développement et à la sauvegarde du cinéma africain, en tant que moyen d'expression, d'éducation et de conscientisation."
L'un des cinéastes fondateurs du festival, aujourd'hui décédé, est le sénégalais Sembène Ousmane. De son vivant d'ailleurs, une édition du Fespaco n'en a vraiment été une sans sa participation.
En 1969, le festival n'avait pas encore sa dénomination actuelle. On parlait alors de la Semaine du cinéma africain, et ce n'est qu'en 1972, à la deuxième édition du festival, qu'il prendra le nom de Festival panafricain du cinéma de Ouagadougou, Fespaco.
Et c'est également lors de l'édition de la même année que le grand prix - l'Etalon de Yennega récompensant le meilleur film africain - a été instauré.
Toutefois, le Fespaco deviendra seulement biannuelle à partir de 1979, après des éditions successives qui avaient plutôt suivi une périodicité aléatoire.
En 1972 égalament est créé le grand prix du festival qui porte le nom d' « étalon de Yennenga », en référence au mythe fondateur de l' empire Mossi.
En quarante ans, ce qui était un tout petit festival en 1969 a grandi. A la première édition, seulement cinq pays ont été représentés avec 23 films.
Pour cette édition, les organisateurs ont recu plus de 600 films de 79 pays, et 129 ont été sélectionnés dans la compétition pour les 22 prix, dont l'Etalon d'or de Yennega, qui seront décernés.