Il décroche ensuite la présentation du journal de 13 h, poste qu'il occupe depuis 1988. Il succède à Yves Mourousi et opère de nombreux changements, dont il donne les détails dans son livre Pour tout vous dire sorti en 2005. Jean-Pierre Pernaut s'appuie notamment sur ses correspondants en régions et donne à son journal un côté plus populaire et plus près des téléspectateurs avec des sujets « terroirs » bien de chez nous. Rapidement ce nouveau JT détrône celui de France 2.

Jean-Pierre Pernaut devient peu à peu une figure emblématique de la Une. Au grand désespoir de ses concurrents qui, n'arrivant pas à égaler ses scores d'audience (7 à 8 millions de fidèles en moyenne), se vengent en critiquant sa ligne éditoriale «populo». Fort du succès de sa formule, il lance en 1991, Combien ça coûte ?, une émission où il dénonce les arnaques et gaspillages économiques. Recordman européen de longévité aux manettes d'un JT, à l'instar de PPDA, Jean-Pierre Pernaut reste l'un des présentateurs favoris des français, malgré son don inné pour les bafouillages.



Quand il ne présente pas le JT et ne s'occupe pas des bonsaïs qu'il collectionne, Jean-Pierre Pernaut aime jouer au golf. Accro aux sports automobiles, il participe également avec sa femme et son fils à des courses comme la Fun Cup ou le Trophée Andros. Il a d'ailleurs remporté la super finale de cette compétition lors de la saison 2007 - 2008.



Jean-Pierre Pernaut a été élevé au rang d'Officier de l'Ordre National du Mérite et de Chevalier du Mérite Agricole.