Elle invite l'entreprise à réviser ce système dit des "facilités de circulation". "Sans remettre en cause cet avantage, on peut se demander s'il est justifié qu'il soit distribué aussi largement et de manière aussi libérale", estime le rapport.

Plus généralement, la Cour estime que l'un des enjeux cruciaux pour la SNCF est "l'harmonisation de son cadre social avec celui de droit commun" dans un contexte de libéralisation des transports ferroviaires en Europe.

Elle recommande un ajustement du nombre de recrutements à celui des départs et des gains de productivité, de maîtriser la masse salariale en limitant l'impact de mesures d'augmentation automatiques, de réexaminer avec l'Etat la surcotisation retraites à la charge de l'entreprise.

Selon le rapport, une harmonisation des règles du jeu entre l'entreprise publique et les opérateurs privés est "indispensable", la SNCF chiffrant jusqu'à 30% les écarts de productivité entre salariés du fait de la réglementation du travail mais aussi des cotisations retraites majorées (+12% de la masse salariale).

Au sujet de la caisse de retraite et de prévoyance des cheminots, la Cour attire l'attention sur un déficit structurel, comblé par l'Etat à hauteur de 60% aujourd'hui. Ce déficit pourrait être aggravé à terme par l'élévation de l'âge de départ à la retraite (pensions plus élevées) et la diminution des cotisations du fait de la baisse des effectifs de la SNCF (moins 15.600 agents entre 2002 et 2008).

La suppression de la mise à la retraite d'office à 55 ans (50 ans pour les conducteurs) a provoqué une hausse de l'âge de départ à la retraite, les cheminots restant volontairement plus longtemps en poste.

L'impact de la réforme du régime des retraites sur les comptes de la SNCF est ainsi évalué à 380 millions annuels sur la période 2010-2030.